|
|
Vyhodnocení numerických reprezentací pro detekci překryvů
Pleskačová, Barbora ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Jugas, Robin (vedoucí práce)
Bakalářská práce je zaměřena na vyhodnocení numerických reprezentaci pro detekci překryvů. Úvodní část se věnuje popisu struktury deoxyribonukleové kyseliny. Dále jsou popsány sekvenační metody a techniky pro sestavení genomu. Další část se zabývá numerickými reprezentacemi, které převádějí sekvence DNA do numerické podoby. Na základě metrik podobnosti je otestováno použití těchto reprezentací pro detekci překryvů mezi čteními DNA. V praktické části práce je navržen a zrealizován algoritmus pro detekci překryvů za využití numerických reprezentací. Algoritmus je následně otestován na datech.
|
|
|
Genetická diverzita zástupců čeledi sezamovitých Pedaliaceae R.Br.
Šlampa, Vojtěch
Čeleď Pedaliaceae řadící se do řádu Lamiales, popsána v roce 1810 Robertem Brownem, je významnou součástí tropické flóry, které nalezneme především v Africe, jihovýchodní Asii a Austrálií. Čeleď samotná, čítá na 50 druhů a dosud není příliš blízce prozkoumaná, vyjma rod Sesamum a jeho zástupce Sesamum Indicum L., který patří mezi nejvýznamnější plodiny pro potravinové účely. V této práci bylo analyzováno pět zástupců čeledi Pedaliaceae, pomo-cí metody DNA barcoding, s využítím jaderných a chloroplastových oblastí DNA, jež sloužili jako marker pro jejich následnou fylogenetickou analýzu a taxonomické zařazení. Pro získání rostlinné DNA a potřebných výsledků byla provedena izolace DNA z rostlinných vzorků, PCR a sekvenování DNA.
|
|
|
Současné metody sekvenování nukleových kyselin
Navrátil, Jiří
Bakalářská práce se zabývá popisem jednotlivých technik sekvenování nukleových kyselin. Na základě analýzy a syntézy poznatků z odborných zdrojů byly v teoretické části popsány charakteristiky jednotlivých metod, stručná historie, výhody a nevýhody, jejich případné modifikace a uplatnění do budoucna, přičemž zvláštní zřetel je kladen také na princip, na kterém tyto metody fungují. Speciální kapitola je vyhrazena také Projektu lidského genomu, jež je označován za největší milník v historii celého sekvenování. V praktické části byl osekvenován genom živočicha z řádu Lepidoptera. Celý proces zahrnoval extrakci DNA, její přečištění, amplifikaci, zhodnocení kvality na agarózovém gelu, sekvenaci a v neposlední řadě také analýzu výstupních dat pomocí specializovaného softwaru.
|
|
|
Vyhodnocení numerických reprezentací pro detekci překryvů
Pleskačová, Barbora ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Jugas, Robin (vedoucí práce)
Bakalářská práce je zaměřena na vyhodnocení numerických reprezentaci pro detekci překryvů. Úvodní část se věnuje popisu struktury deoxyribonukleové kyseliny. Dále jsou popsány sekvenační metody a techniky pro sestavení genomu. Další část se zabývá numerickými reprezentacemi, které převádějí sekvence DNA do numerické podoby. Na základě metrik podobnosti je otestováno použití těchto reprezentací pro detekci překryvů mezi čteními DNA. V praktické části práce je navržen a zrealizován algoritmus pro detekci překryvů za využití numerických reprezentací. Algoritmus je následně otestován na datech.
|
host ::
RSS.